招诱他们，太祖的军士为了财货之利而离开的人很多，太祖于是传送檄文去谴责他们。朱王宣的回话很不礼貌，太祖于是命令朱珍侵袭曹州进攻濮州，以惩罚他们的奸邪。不久，朱珍攻伐曹州，抓住曹州刺史丘礼献给太祖，接着又调动军队包围了濮州。兖州和郓州与太祖之间的间隙，从此就产生了。

十月，僖宗命令水部郎中王赞撰刻纪功碑赐给太祖。同月，太祖亲自率领骑兵几千人在濮河岸边巡视，乘机在范县击败朱王宣的援兵。七日，攻陷濮州，濮州刺史朱裕一人骑马逃往郓州。接着被郓州人打败，一个多月后又回来了。

十二月，僖宗派遣使者赐给太祖铁券，又命翰林承旨刘崇望撰刻德政碑赐给太祖。

文德元年(888)正月，太祖率领军队向东奔赴淮南，行程中驻扎在宋州时，听到杨行密已经攻下扬州，于是回师。这时，李。。、郭言到淮河岸边，被徐州军队扼阻，不能前行只好返回。太祖大怒，便计划讨伐徐州。

二月十八日，僖宗诏令任太祖为蔡州四面行营都统，从此各镇的军队受太祖的控制指挥。

三月三日，唐昭宗即位。同月，蔡州人石。。率领一万多人剽掠陈州、亳州，太祖派朱珍率领精锐骑兵几千人擒获石。。献上。

四月一日，魏博镇乐彦祯违背律令，他儿子乐从训逃奔到相州，派人来请求太祖派军队援助。太祖派朱珍率领大军渡过黄河，接连攻占黎阳、临河两邑。不久魏博镇军队推举小校官罗弘信当统帅。罗弘信当上统帅后，派遣使者到汴州致意，太祖厚待使者并接受了他的求和心意，就命令朱珍班师。同月，河南尹张全义在河阳袭击李罕之，打败了他。李罕之一人骑马出逃，到太原请求救兵，李克用派出一万骑兵去支援他。李罕之就收聚自己的部队，与太原晋军一起联合兵力，急攻河阳。张全义十分危急，派遣使者到汴州求救，太祖派丁会、牛存节、葛从周率领军队奔赴救援，在温县发生激烈战斗，晋军和李罕之都被打败。于是解除了河桥的围困，张全义回到河阳，趁便以丁会作为河阳留后。

五月三日，昭宗诏令授太祖为检校侍中，增加食邑到三千户。戊辰，诏令将太祖的故乡改叫衣锦乡，村里叫作沛王里。同月，太祖认为已经拥有了洛、孟地区，解除了对西部的忧虑，准备大力整顿军队，尽力诛除蔡州贼寇。恰好遇上蔡州人赵德。。将汉南地区全部归降朝廷，又派遣使者向太祖求和，发誓尽力一同讨伐秦宗权。太祖向朝廷上表奏明这件事，朝廷于是任赵德。。为蔡州四面副都统。又将河阳、保义、义昌三处节度使作为太祖的行军司马，兼管粮食马料等后勤供应。到这时，太祖统领诸侯的军队会合赵德。。到汝水边去攻伐蔡州贼寇，于是逼近蔡州城。在五天之内，建起二十八座兵寨包围蔡州城，这是仿照天上二十八星宿的数量。这时太祖亲自冒着敌人的弓箭炮石指挥战斗，一天，一支飞来的箭射中了他的左腋，鲜血浸透了单衣，太祖对身旁的人说：“不要让别人知道。”

九月，因为粮食运输供应不上，便撤回军队。这时，太祖知道秦宗权的残渣余孽已不足以构成祸害，就转移部队去攻伐徐州。

十月，太祖派朱珍率领军队在吴康镇与徐州时溥交战，徐州兵马被打得大败，接连占领丰、萧两座城邑，时溥带着击散了的骑兵逃进了彭门。太祖命令分出一支兵力去攻打宿州，宿州刺史张友带着符节印章投降。不久徐州人关闭城门坚守，太祖就命令庞师古屯扎部队守着徐州，自己回去了。同月，蔡州贼寇孙儒攻陷扬州，自称为淮南节度使。

龙纪元年(889)正月，庞师古攻下宿迁县，向吕梁进军。时溥率领两万军队，首先压住庞师古的军队摆开战阵，庞师古紧急迎战，击败时溥，杀敌两千多人，时溥又逃进彭门。

二月，蔡贼将领申丛派遣使者报告说，已将秦宗权捆缚在营帐下面，折断了他的腿而囚禁起来了。太祖当天接受诏令以申丛为淮西留后官。不久，申丛又被都将郭。。杀害。同月，郭。。押解秦宗权前来献给太祖，太祖派遣行军司马李。。、牙校朱克让用囚车将秦宗权解押到长安。押到后，昭宗前往延喜楼接受俘虏，立即在一棵独柳树下面将秦宗权斩首。蔡州平定。昭宗诏令增加太祖食邑实封一百户，赐给庄园和住宅各一处。三月，又加封太祖为检校太尉、兼任中书令，提封为东平王，以奖赏平定蔡州的功劳。